流體進入蠕動泵泵頭后被蓄積在兩個輥子之間，形成“流體枕”。 隨后便是短暫的斷流，因為后面的一段泵管又被輥子阻斷，再次形成“流體枕”。如此循環往復，便形成脈動的，而不是平滑連續的流體。

如果不希望出現這種脈動，可采用蠕動泵管鎖閉程度可調節的泵頭，這樣可將脈動程度降低25%，因為這使得流體枕之間的斷流程度減緩。但某些應用場合對蠕動泵產生的脈動限制更嚴。對其而言，25%脈動的降低程度還不夠。在這種情況下，可考慮采用其它四項措施來進一步減輕脈動: 采用帶有交錯鎖閉和更多輥子的泵頭造型；采用具有交錯脈動的多泵頭形式；采用脈動緩沖器；以及更換排放管的配置。計時還要求：當輥子位于泵頭的上止點(TDC)時鎖閉程度正好大。然而，有些泵頭中裝了六到八個輥子，且在設計時還增加了交錯鎖閉----即：鎖閉程度大時，輥子已經轉離泵頭的上止點。這兩項設計的組合可被用來消除脈動。

可直接將具有交錯鎖閉的兩個泵管卡（或泵管床）裝在蠕動泵泵頭的不同方向上，這可使兩個泵管床中的泵管交替達到大鎖閉程度時，輥子都正好位于上止點的對面。用一個三通接頭將入口分成兩個通道，在出口處再用一個三通接頭將兩個通道合二為一。這可使流體脈動交替到達出口處的三通接頭。由于裝了六到八個輥子，所以流體枕中的體積和斷流的體積幾乎相同。這樣，一個通道中的每個流體枕正好可以填滿另一個通道中的斷流部分。由于增加了輥子，故流體脈動頻率增快的同時振幅卻減小了。這樣，就可基本上消除脈動。此辦法尤適于流量在460毫升/分鐘以下的流體。

對于流量在460毫升/分鐘以上的流體，也可采用安裝兩個具有交錯鎖閉的泵管卡（或泵管床）的方式，雖然效果稍差一點。可將兩個泵頭并聯，這兩個泵頭都設計成：當輥子位于蠕動泵泵頭的上止點(TDC)時鎖閉程度正好大；但要求兩個轉子的轉動位置正好相互錯開。當泵頭位置交錯距離達到輥子距離的50%時效果較好。在此種配置下，輥子不同時達到上止點，所以在相鄰的兩個通道之間會交替出現流體枕和斷流。如果每個通道的入口和出口端均采用三通接頭進行連接，則一個通道中的流體枕正好可以填滿另一個通道出口處的斷流部分。然而，這種泵頭產生的流體枕和斷流部分的體積比率要比帶有六到八個輥子的泵頭產生的體積比率大。這樣，出自相鄰通道的多個流體枕會相互重疊，脈動程度只能減輕80-95%。

可將脈動緩沖器裝在出液管線上以減輕脈動。脈動流體流入緩沖容器時，蓄積在液體上方的氣穴將脈動波吸收掉90%，使流體在緩沖器中便趨于平緩。

自制一個適于各種泵管尺寸的緩沖容器以及合適尺寸的接頭并不難。緩沖器的出口位置應靠近入口位置，或高于入口位置。出口和入口位置均應靠近容器底部，以便收集容器上部的空氣。

改變蠕動泵通道的配置也可減輕脈動。成倍地延長排液管的長度，及選用硅橡膠這類較軟的泵管材料也可減輕脈動達60%。較軟的泵管有助于流體脈動的吸收，而較長的排液管線可增加摩擦。增加摩擦可提高背壓，從而將若干脈動流體擠壓在一起，達到減輕脈動的目的。